1. Hội đồng Học viện
2. Ban Giám đốc
3. Hội đồng Khoa học và Đào tạo

CÁC TỔ CHỨC CHÍNH TRỊ XÃ HỘI VÀ ĐOÀN THỂ

1. Đảng bộ
2. Công đoàn
3. Đoàn Thanh niên CS HCM
4. Hội Cựu Chiến binh
5. Hội Cựu Giáo chức
6. Hội Sinh viên

CÁC PHÒNG, BAN, BỘ PHẬN CHỨC NĂNG

1. Văn Phòng Học viện
2. Phòng Tổ chức Cán bộ
3. Phòng Thanh tra- Pháp chế
4. Phòng Kế hoạch-Tài chính
5. Phòng Đào tạo
6. Phòng Quản lý Khoa học
7. Phòng Hợp tác quốc tế 
8. Phòng Quản trị - Thiết bị
9. Phòng Đảm bảo chất lượng 
10. Phòng Giáo dục Chính trị và Công tác sinh viên

CÁC KHOA TRỰC THUỘC

1. Khoa Cơ bản
2. Khoa Quản lý
3. Khoa Giáo dục
4. Khoa Công nghệ thông tin
5. Khoa Ngoại ngữ

CÁC TRUNG TÂM

1. Trung tâm Công nghệ Thông tin- Thư viện
2. Trung tâm Bồi dưỡng Nhà giáo và Cán bộ quản lý
3. Trung tâm Tiên tiến đào tạo Lãnh đạo và Cán bộ quản lý
4. Trung tâm Tư vấn hỗ trợ học đường
5. Trung tâm Ngoại ngữ và Văn hóa Quốc tế

VIỆN NGHIÊN CỨU- TẠP CHÍ

1. Viện Nghiên cứu Khoa học Quản lý giáo dục
2. Tạp chí Quản lý giáo dục